この問題は、カテゴリから複数のカテゴリに関連付けられている製品の関連付けを解除するときに発生します。例えば、製品が2つのカテゴリのいずれかから関連付けを解除された後も、インデックスに1つではなく2つのProductDocumentsが残されます。これは、増分インデックス更新戦略が製品の関連付け解除シナリオを処理しないために発生します。完全なインデックスの再構築を行うことにより、不要になったProductDocumentsが削除されます。
Sitecore XP 9.0 Update-2＋SXC 9.0 Update-3環境でこの問題を解決するには、次のリンク先にあるhotfixをダウンロードしてインストールしてください：
SC Hotfix 339497-1 CommerceEngine 2.4.25.zip
このHotfixはSXC 9.0 Update-3専用に作成されたものであり、Sitecoreサポートの指示がない限り、他のSXCバージョンと一緒にインストールしたり、（互換性が確認されるまでは）他のhotfixと組み合わせてインストールしたりしないでください。
ZIPファイルを解凍し、インストールの手順書や関連ファイルを確認してください。インストール手順に別段の記載がない限り、HotfixはCMインスタンスにインストールしてから、貴社の標準の開発手法で他のインスタンスと同期する必要があります。
他のSXCバージョンのソリューションを入手するには、Sitecoreサポートに連絡してください。